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花東縱谷國家風景區因開發較少,林相豐富,野生動物的棲息地頗為完整,以鳥類60種最多,哺乳類超過20種,淡水魚29種。溪流上游及集水區的森林,則是許多蝴蝶幼蟲滋長之處。
自然萬物無法脫離環境而獨自生存,而不同的自然環境也因此而孕育出不同的物種,這些物種,不論是生命體或是非生命體都會與環境之間構成一個獨一無二的生態系統。生態環境越是複雜多變化,就會可能會發展出生物多樣性的最大值。
縱谷的鳥類涵蓋了低、中海拔的山鳥、溪澗鳥及平原鳥,有紀錄者約有38科一百餘種(屬台灣特有種及特有亞種有64種),以烏頭翁、朱鸝、赫氏角鶚、台灣藍鵲、綠畫眉為代表,主要賞鳥地點為富源、奇美、安通、大坡池及海岸山脈西側道路。入山之後,常見水鳥在河流的下游尋找出海口處歇息。鳥兒隨時會在縱谷的個個角落迸現,蹤跡遍佈;鳥兒的齊聲鳴唱,也會在您耳畔不時響起,它們,始終雀躍於花東縱谷間
約有15種,以中國樹蛙、澤蛙、日本河鹿樹蛙、長腳赤蛙、拉都希氏蛙為代表。
蛇類約有28種,包括毒蛇7種,無毒蛇21種,其中以百步蛇、赤尾青竹絲、雨傘節、盲蛇、過山刀為代表。
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